漫画《秘密授课》是一部校园悬疑与青春成长交织的作品。故事发生在一所看似精英云集、实则暗流涌动的私立高中。新来的实习教师陈默发现，学校里流传着一套由匿名学生编纂的“秘密授课笔记”，它不涉及任何学科知识，而是记载了如何应对校园霸凌、家庭压力，甚至如何逃脱老师与家长的“监视”。陈默开始暗中调查这本笔记的来源，在保护学生安全的同时，也逐渐揭开了这所学校背后隐藏的资本博弈与教育黑幕，与学生们建立起一种超越普通师生的深刻信任。
陈默利用“秘密授课”的理念，在班级里组织了一场模拟法庭。学生们通过扮演法官、律师，公开审理了校园霸凌事件，让施暴者直面错误，受害者得到了全班同学的声援与道歉。
笔记的编纂者“先知”终于现身，邀请陈默在天台见面。“先知”竟是一位他从未怀疑过的优等生，两人在天台就教育本质进行了激烈的辩论，最终达成了某种程度上的理解。
学生们利用废弃的化学实验室作为据点的秘密被发现。教导主任展开地毯式搜查，陈默利用自己对建筑图纸的了解，抢先一步帮助学生们转移了笔记和关键证据。
班上一名怯懦的男生长期被勒索却不敢声张，陈默注意到他的异常，没有直接介入，而是通过“秘密授课”笔记中的暗示，让他明白沉默即是帮凶，鼓励他向自己求助。
一名成绩优异但家境贫寒的女孩承认自己是笔记的“代笔者”之一。她向陈默坦白，编纂这些内容是为了帮助那些像自己一样在边缘挣扎的同学，寻找一条生存之道。
陈默第一天入职便察觉到班级气氛古怪。他在讲台抽屉里发现了一本写满奇怪符号的旧笔记本，封面赫然写着“秘密授课”，这引起了他极大的好奇与警惕。